La procédure spéciale est généralement utilisée dans des domaines sensibles. Le traité ne prévoit pas de règles précises pour celle-ci. Il faut s'en référer au cas par cas.
Le Conseil devient alors l'unique décisionnaire, le Parlement ne donne qu'un avis consultatif. Ce cas est prévu par l'article 242 TFUE, relatif au statut des comités1543414238220, et également par l'article 89 TFUE
1543414186326, relatif aux opérations policières transfrontalières. La procédure spéciale s'applique aussi lorsque l'avis du Parlement est nécessaire, comme prévu à l'article 86 TFUE, relatif au rôle du Parquet européen.