Les dérogations doivent être justifiées au regard de l'un des cinq motifs alternatifs suivants :
- motif scientifique : des dérogations peuvent être accordées « à des fins de recherche et d'éducation, de repeuplement et de réintroduction » des espèces protégées. Sont visés les prélèvements qui sont effectués à titre scientifique ;
- motif écologique : des dérogations sont également possibles « dans l'intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages » et de la conservation de leurs habitats naturels. Est visée par exemple la capture de certains spécimens ;
- motif agricole : il s'agit en l'occurrence de « prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l'élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d'autres formes de propriété ». On peut citer comme exemples les grands cormorans qui ont occasionné des dégâts à l'égard de l'aquaculture, ou les loups pour le pastoralisme654 ;
- motif quantitatif et sélectif : cette dérogation, strictement encadrée, est possible « pour permettre, dans des conditions strictement contrôlées, d'une manière sélective et dans une mesure limitée, la prise ou la détention d'un nombre limité et spécifié de certains spécimens » ;
- Mmotif impératif d'intérêt public majeur : en dernier lieu, nous nous arrêterons sur la raison impérative d'intérêt public majeur (RIIPM) qui nous intéresse plus particulièrement en matière de projets d'aménagement ou de construction : des dérogations peuvent être accordées « dans l'intérêt de la santé et de la sécurité publiques » ou pour d'autres « raisons impératives d'intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l'environnement ».
Cette notion de RIIPM est difficile à remplir car les tribunaux en font une interprétation stricte et au cas par cas. L'étude de cette jurisprudence permet toutefois d'éclairer cette notion qui n'est pas définie par les textes.
Une raison impérative d'intérêt public majeur peut être de nature économique et sociale, liée au besoin d'une politique publique, mais qui doit être d'une telle importance qu'elle puisse justifier l'atteinte à une ou des espèce(s) protégée(s).
La RIIPM est devenue un préalable indispensable à l'examen des autres conditions susvisées de l'article L. 411-2, 4° du Code de l'environnement.
Avec sa décision du 27 décembre 2022655, le Conseil d'État a mis un coup d'arrêt au projet « Val Tolosa » initié vingt ans auparavant et qui prévoyait l'implantation d'un centre commercial de plus de 63 000 m² de surface de vente réunissant cent cinquante enseignes sur la commune de Plaisance-du-Touch. Deux dérogations « espèces protégées » avaient successivement été délivrées par le préfet en 2013 et en 2017, puis avaient fait l'objet de recours ayant abouti au constat de l'illégalité de ces dérogations, pour absence d'intérêt public majeur du projet. Il ressort de cet arrêt que si un tel projet privé peut présenter un intérêt public majeur, cela ne peut résulter que de circonstances exceptionnelles d'une dimension autre que commerciale. Le projet, pour recevoir cette qualification, ne doit pas être purement commercial et doit également concourir à la satisfaction de l'intérêt général. Or dans les faits, il sera très difficile de remplir ces critères pour l'implantation de projets commerciaux656… Les tribunaux s'attachent à vérifier la présence des sites et de l'offre commerciale existants à proximité qui permettent déjà de satisfaire les besoins de la clientèle pour refuser de nouvelles implantations qui porteraient atteinte à des espèces protégées.
Les premiers arrêts marquants en la matière ne datent que de 2018657 pour la transposition par la France de la directive « Habitats », puis de 2019 pour la Cour de justice de l'Union européenne658. La tardiveté de cette jurisprudence a généré une grande réticence de la part de l'Administration française pour délivrer des dérogations de crainte de condamnation de la part de l'Europe.
Si la jurisprudence issue de l'arrêt Val Tolosa est maintenant stabilisée et donne une méthode d'analyse de la RIIPM, celle-ci dépend néanmoins d'une analyse in concreto des enjeux en présence, et par conséquent d'une part inévitable de subjectivité.
Afin de ne pas obérer l’accélération souhaitée pour la production par la France d’énergies renouvelables, le législateur a pris soin de qualifier de « RIIPM présumée » ces projets dans le cadre de la loi du 10 mars 2023659. Alors que cette loi permet aux projets d’énergies renouvelables de bénéficier d’une présomption de RIIPM, la loi relative à l’industrie verte du 23 octobre 2023 est allée plus loin en reconnaissant la qualification de RIIPM (et non plus simplement d’une présomption) à un stade amont de la procédure aux projets d’installations industrielles (ainsi qu’à leurs travaux d’infrastructure et de raccordement électrique) soit dans le cadre de la déclaration de projet de l’article L. 300-6 du Code de l’urbanisme, soit dans le cadre de la déclaration d’utilité publique d’un projet, soit encore dans le cadre des projets déclarés d’intérêt national majeur issus de cette même loi. Cette reconnaissance de la RIIPM ne pourra par ailleurs être contestée qu’au stade de la déclaration de projet, de la DUP ou du décret qualifiant le projet d’intérêt national majeur, soit bien avant la finalisation du dossier d’autorisation et l’engagement de la phase travaux660.